菠菜的烹饪方法很多，但直接炒着吃、做汤吃都是不对的。
对孕妇来说，为了预防菠菜对人体的不利因素，预防结石的形成，以及影响对钙的吸收，在烹饪菠菜时最好用开水焯一下。经过水焯后，大部分的草酸可以释出，此时把水倒掉，捞出菠菜，或凉拌或炒，都可以在一定程度上减少草酸的破坏作用。此外，还应该注意正在服用钙片的人，最好少吃或不吃菠菜。菠菜含有食物纤维，能够解毒通窍，所以有滑肠的作用，腹泻的时候最好也不要吃。
菠菜所含的草酸对泌尿道结石患者来说也是大忌，有可能加重病情，所以如果患有泌尿系结石，最好能控制食用菠菜。
